ด้วยเหตุที่สารมลพิษต่าง ๆ ทั้งที่เกิดขึ้นเองตามธรรมชาติ และที่เกิดจากการกระทำของมนุษย์เหล่านี้ อยู่ในสภาวะที่เป็นก๊าซ นอกจากนั้นสภาพแวดล้อมแต่ละแห่ง ยังทำให้ก๊าซบางชนิดเกิดการแปรปรวนเปลี่ยนรูปไปได้อย่างสลับซับซ้อน ดังนั้นจึงไม่อาจคาดคะเนการเกิด และสถานที่ที่จะมีฝนกรดเกิดขึ้นได้อย่างชัดเจน เช่น ในสหรัฐอเมริกา มีปล่องควันของโรงไฟฟ้าขนาดใหญ่ ระบายมลพิษออกสู่บรรยากาศในชั้นสูงเป็นจำนวนมาก แต่ไม่เกิดปัญหาฝนกรดในท้องถิ่นของอเมริกา แต่กลับไปเกิดฝนกรดข้ามพรมแดนในประเทศแคนาดา เป็นต้น ดังนั้นการศึกษาหาสาเหต เพื่อวางแนวทางควบคุม และป้องกัน จึงมีความยุ่งยากมากยิ่งขึ้น นอกจากนั้นกรดในอากาศมิใช่ว่าจะลงสู่พื้นดินโดยละลายปนมากับน้ำฝนแต่ทางเดียวเท่านั้น แต่อาจสัมผัสกับพืชหรือพื้นดินได้โดยตรง ในลักษณะที่แห้ง (dry deposition) ก็ได้ ซึ่งก็เป็นอันตรายได้เช่นกัน ไม่ว่าก๊าซเหล่านั้นจะลงสู่บริเวณพื้นดิน หรือแหล่งที่มีหิมะปกคลุมก็ตาม
ความเสียหายที่เกิดจากฝนกรดหรือจาก กรดในบรรยากาศมีหลายประการดังนี้
๑. ทำให้ดินเปรี้ยว และขาดธาตุอาหารสำคัญของพืช เช่น โพแทสเซียม แคลเซียม แมกนีเซียม และโซเดียม แต่ถ้าดินและหินที่น้ำฝนไหลผ่านมีสารประกอบพวกคาร์บอเนต หรือหินปูนอยู่บ้าง ก็จะช่วยลดความเป็นกรดลงได้บ้างเช่นกัน
๒. ถ้าในดินมีโลหะหนัก เช่น อะลูมิเนียม และปรอท ฝนกรดก็จะทำให้สารอะลูมิเนียมซัลเฟต
ออกจากเนื้อดิน เข้าไปละลายอยู่ในน้ำใต้ดิน แล้วระงับการแตกรากของพืช ในที่สุดพืชจะหยุดโต และอาจจะตาย หากรับเชื้อโรคต่าง ๆ หรือแม้แต่เผชิญต่อการเปลี่ยนแปลงของภูมิอากาศ หรือฤดูกาลแต่เพียงน้อย ดังเช่น ป่า Black forest ในประเทศ เยอรมนี เป็นต้น
๓. ลดความอุดมสมบูรณ์ตามปกติของเนื้อดิน เพราะกรดในดินไปยับยั้งการทำงานของจุลินทรีย์
บางกลุ่ม ที่ควบคุมการแปลงซากพืชซากสัตว์ให้กลายเป็นแอมโมเนียมไนไทรต์ และไนเทรต ซึ่งเป็นปุ๋ยของพืช
๔. ถ้าน้ำฝนมีค่าความเป็นกรด-เบสต่ำกว่า ๕.๖ จนถึง ๓ แล้ว จะทำให้เกิดริ้วรอยเป็นจุด หรือเป็นลายบนพืชบางชนิด เช่น มะเขือเทศ ผัก ขม และทำให้ราคาพืชตกต่ำ
๕. เมื่อกรดในบรรยากาศ หรือฝนกรด ลงสู่น้ำในทะเลสาบ และลำธารหลายแห่งในสวีเดน นอรเว และแคนาดา ปรากฏว่า มีมอส (moss) ขึ้นปกคลุมพื้นทะเลสาบ เช่น ในประเทศสวีเดน และมีสาหร่ายเส้นและมอสขึ้นในลำธารของประเทศนอร์เวย์ มีผลทำให้สัตว์น้ำขนาดเล็ก ซึ่งอาศัยอยู่ตามท้องน้ำบางชนิดหายสาบสูญไป และเมื่อฝนกรดปลดปล่อยอะลูมิเนียมในดินออกมาเจือปนอยู่ในน้ำใต้ดิน และไหลลงสู่แหล่งน้ำ ก็จะทำให้เหงือกปลาเกิดความระคายเคือง ปลาจะยิ่งสร้างเมือกห่อหุ้มส่วนที่ระคายเคืองนั้น ทำให้การถ่ายเทออกซิเจนที่เหงือกไม่สะดวก ในที่สุดปลาจะขาดอากาศหายใจ เพราะปลาหายใจทางเหงือก ปลาแซลมอน และปลาเทราต์ในทะเลสาบ และลำธารของประเทศนอร์เวย์ มีจำนวนลดลงอย่างเห็นได้ชัด และใน พ.ศ. ๒๕๑๙ ระหว่างที่หิมะละลายในฤดูใบไม้ผลิ มีปลาในแม่น้ำแห่งหนึ่งตายเป็นจำนวนมาก มีผู้สันนิษฐานว่า เป็นเพราะปลาสูญเสียสมดุลของเกลือแร่ในเลือด ส่วนทากและหอยทาก ซึ่งทนกรดได้น้อยที่สุด ไม่ปรากฏว่า มีหลงเหลืออยู่ในทะเลสาบของนอร์เวย์เลย เมื่อน้ำมีค่าความเป็นกรด-เบส ต่ำกว่า ๕.๒ ส่วนปลาบางชนิด เช่น
ปลาซาลามานเดอร์ และสัตว์ครึ่งบกครึ่งน้ำ เช่น กบ ซึ่งเป็นสัตว์ที่ทนได้ดีที่สุด ยังพบว่า
ถ้าน้ำเป็นกรดสูงจะยับยั้งการแพร่พันธุ์ของปลาและกบได้
ดังนั้น นกและสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม ซึ่งกินสัตว์น้ำต่าง ๆ เป็นอาหาร จึงได้รับผลกระทบไปด้วย และในขณะที่ปลาในน้ำลดน้อยลง แมลงในน้ำก็มีจำนวนเพิ่มมากขึ้น และจะเป็นแมลงที่มีความสามารถทนกรดได้ดี และอาจมีสารพิษพวกอะลูมิเนียมอยู่ในแมลง ดังนั้นเมื่อนกกินแมลง อะลูมิเนียมจึงสะสมในกระดูกนก ทำให้เปลือกไข่ของนกบางลง โอกาสที่ลูกนกจะรอดเป็นตัวก็ลดน้อยลง จากที่กล่าวมาแล้วจะเห็นว่า เมื่อเกิดฝนกรดขึ้น จะมีผลกระทบ ตั้งแต่พืช สัตว์ชั้นต่ำ ต่อเนื่องกันมาจนถึงสัตว์ปีก และสัตว์ที่เลี้ยงลูกด้วยนม
๖. น้ำที่เป็นกรดอาจส่งผลต่อน้ำดื่มของประชาชน บางแห่งในประเทศสวีเดนยังคงใช้ท่อทองแดงส่งน้ำ จึงอาจทำให้ท่อผุกร่อน และน้ำเจือทองแดงมากขึ้น หากเป็นท่อเหล็กก็อาจเกิดผลคล้ายคลึงกัน ผมของสตรีชาวสวีเดนผู้หนึ่ง เปลี่ยนจากสีทองเป็นสีเขียว เมื่อสระผมด้วยน้ำบ่อ ซึ่งมีทองแดงซัลเฟต
๗. น้ำฝนกรดอาจกัดกร่อนสิ่งก่อสร้างต่าง ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งโบราณวัตถุ หรือสิ่งที่มีคุณค่าทางศิลปะ วิหารพาเธนอน ในกรุงเอเธนส์ ประเทศกรีก และเสาทราจัน ในกรุงโรม ประเทศอิตาลี ถูกกรดกัดกร่อนอย่างเห็นได้ชัด
ก็คือ การควบคุมกำเนิดสารประกอบของซัลเฟอร์ และไนโตรเจนนั่นเอง ซึ่งอาจมีวิธีการหลายวิธี เช่น
๑. การเลือกใช้เชื้อเพลิงที่มีการปนเปื้อนของซัลเฟอร์น้อย
๒. ปรับปรุงการสันดาป เพื่อควบคุมการเกิดสารประกอบออกไซด์ไนโตรเจน ด้วยการลดอุณหภูมิให้ต่ำลงกว่า ๑๕๐๐ องศาเซลเซียส
๓. ควบคุมปริมาณออกซิเจนที่ใช้ในการสันดาป
๔. การติดตั้งอุปกรณ์ เพื่อกำจัดมลพิษก่อนระบายออกสู่บรรยากาศ ซึ่งจะต้องเสียค่าใช้จ่ายสูง และเพิ่มความยุ่งยากในการบำรุงรักษาอีกไม่น้อย การสร้างปล่องควันสูงลิบลิ่วไม่สามารถแก้ปัญหามลพิษทางอากาศได้ แต่เป็นการผลักภาระปัญหาจากสถานที่ใกล้เคียง ไปยังแหล่งที่อยู่ห่างไกลมากกว่าเท่านั้น